Durant sa convalescence il lit la Vie du Christ et la Légende dorée qui raconte des faits et gestes de saints. Contrairement à toute attente, Inigo est accroché. Faire de grandes choses, comme le Christ, comme les saints, n’est-ce pas son rêve ?
“Quand je pense à ce qui est du monde, je m’y complais beaucoup, mais quand je suis fatigué et que je cesse d’y penser, je me trouve aride et insatisfait ; en revanche, quand je rêve d’aller à Jérusalem nu-pieds, de ne plus manger que des herbes, de me livrer à toutes les austérités comme les saints, non seulement j’éprouve de grands élans intérieurs, quand je médite sur des pensées de ce genre, mais même après les avoir quittées, je reste satisfait et allègre.” (Récit, n°8)
Cette expérience, point de départ d’un des traits les plus fondamentaux de la spiritualité ignatienne, conduira Inigo sur le chemin de la conversion. Sa première décision sera d’aller à Jérusalem, en pèlerin mendiant. Il a alors 30 ans.
Guéri, Inigo quitte Loyola, fait halte à l’abbaye bénédictine de Montserrat, puis gagne Manrèse, petite ville de Catalogne. Il y restera presqu’une année en solitaire (mars 1522 – février 1523), vivant une expérience de Dieu originale fondatrice, en particulier un jour en longeant la rivière du Cardoner.
“Les yeux de mon esprit commencèrent à s’ouvrir. Ce n’était pas une vision, mais je compris beaucoup de choses concernant la vie spirituelle, la foi et la science, et cela en une telle illumination que toutes ces choses me parurent nouvelles.” (Récit, n° 30)
Inigo devient alors comme un autre homme, avec un autre esprit : un homme associé au dessein de Dieu que le Christ poursuit dans l’Eglise. Son désir ? Il ne tient plus à la solitude et souhaite autant aider les autres que d’être aidé. Il consignera dans un petit livre toutes ses expériences et découvertes. Le livret des Exercices Spirituels prend forme.
Inigo passe l’année 1523 à Jérusalem, recherchant les traces de ce Jésus qu’il veut toujours “mieux connaître, imiter et suivre”. A son retour, il étudie à Barcelone, puis à Alcala. Des difficultés avec l’Inquisition le poussent à quitter Alcala pour Salamanque, puis Salamanque pour Paris.
Inigo arrive à Paris en février 1528. Il reprend ses études à la base, en commençant par les humanités. A 37 ans, au collège Montaigu, il apprend les déclinaisons latines avec les gamins de Paris ! Il s’inscrit au collège Sainte-Barbe en octobre 1529. Il est reçu bachelier en décembre 1532 et devient “Maître ès Arts” en mars 1533. Inigo latinise alors son nom.
Ignace partage la chambre de deux autres étudiants : Pierre Favre, savoyard, et François Xavier, navarrais. Tous deux ont 23 ans, Ignace 38. Pierre Favre fut désigné comme répétiteur d’Ignace. Tous deux se lièrent d’amitié et Pierre Favre partagera rapidement le désir d’Ignace : mener une vie pauvre à la suite du Christ. D’autres se joignirent au projet : un autre étudiant, Simon Rodriguès, Portugais, deux jeunes Espagnols, Diégo Lainez et Alphonse Salmeron, puis Nicolas Bobadilla.